ここではCakePHP2.xのLayoutファイルでのJavascriptの読み込みについて解説しています。

Controllerで読み込むjsファイルを設定

<?php

    $arrJavascript = array();
    array_push($arrJavascript, 'common');
    array_push($arrJavascript, 'config');
    $this->set('arrJavascript', $arrJavascript);

拡張子の「.js」は省略して記述してください。
読み込むjsファイルは
/app/webroot/js/以下に配置します。

Layoutsファイル

<?php echo $this->Html->script($arrJavascript);?>

Layoutファイルのhead内に記述します。
これでJavascriptファイルの読み込みができます。

出力結果

<script type="text/javascript" src="/js/common.js"></script>
<script type="text/javascript" src="/js/config.js"></script>

/app/webroot/js/以下にフォルダを作る場合

<?php

    $arrJavascript = array();
    array_push($arrJavascript, 'admin/common');
    array_push($arrJavascript, 'admin/config');
    $this->set('arrJavascript', $arrJavascript);

/app/webroot/js/admin/以下にjsファイルを配置した場合の例です。
$this->Html->script();で生成されるjsファイルの場所は/app/webroot/js/がデフォルトなので、/app/webroot/js/以下を指定します。

出力結果

<script type="text/javascript" src="/js/admin/common.js"></script>
<script type="text/javascript" src="/js/admin/config.js"></script>

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